Fakultas, jurusan dan program studi dalam mengemban amanah Tri Dharma Perguruan Tinggi dituntut untuk merumuskan program-program andalan dan pendukung yang diharapkan dalam suatu kurun waktu tertentu dapat menjadi inspirator bagi pembangunan daerah Kalimantan Barat yang terkait dengan kawasan regional. Perumusan program-program ini, selain memperhatikan program-program pembangunan daerah, juga harus menunjang Visi, Misi dan Pola Ilmiah Pokok Untan dan Fakultas Pertanian.
Berkaitan dengan kondisi geografis wilayah, maka penyusunan kajian ilmiah lebih difokuskan pada spesifikasi sumberdaya lahan regional yang riil dan didasarkan pada kenyataan banyaknya permasalahan yang masih belum terpecahkan, baik melalui pendekatan biogeofisik maupun sosial, ekonomi dan budaya. Berdasarkan permasalahan ini dirumuskan Pola llmiah Pokok Universitas Tanjungpura, yakni Lahan Basah dan Gambut Tropis.
Pola llmiah Pokok masuk dalam Statuta Universitas Tanjungpura yang ditetapkan dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor: 0446/0/1992 tanggal 18 November 1992. Pada Bab III Pasal 9 secara tegas dinyatakan bahwa kegiatan pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat secara utuh dan dinamis dalam meningkatkan keterpaduan Tri Dharma Perguruan Tinggi pada berbagai satuan organisasi yang ada di lingkungan Universitas seharusnya mendasarkan diri pada Pola llmiah Pokok Universitas, yakni Lahan Basah dan Gambut Tropis. Telah disepakati bahwa Fakultas Pertanian merupakan andalan Universitas Tanjungpura untuk mengembangkan Pola llmiah Pokok. Dalam pengelolaan Pola llmiah Pokok yang selain menjadi program andalan Universitas Tanjungpura juga merupakan program andalan Fakultas Pertanian, nantinya segala aspek kajian akan berorientasi kepada pengembangan budidaya tanaman pada lahan basah dan gambut, pemanfaatan dan konservasi formasi hutan lahan basah, dan kajian penunjang daerah atas yang berasosiasi dengan lahan basah dan gambut. Secara keseluruhan akan bertumpu pada peningkatan sumberdaya alam itu sendiri dan kesejahteraan sumberdaya manusia.
Program Andalan Fakultas Pertanian dengan pertimbangan Pembangunan Daerah, Visi, Misi dan Pola Ilmiah Pokok adalah: “Pengkajian, Pengembangan dan Konservasi Lahan Basah dan Gambut Tropis”. Program Andalan Fakultas Pertanian ini menjadi acuan bagi Jurusan/Program Studi untuk mengembangkan Program Andalan dan Pendukung yang sekaligus merupakan payung dalam melaksanakan pengkajian dan pengembangan program andalan Fakultas tersebut.
Program Andalan dan Pendukung masing-masing Jurusan/Program Studi di lingkungan Fakultas Pertanian adalah sebagai berikut :
1. Jurusan Budidaya Pertanian
Program Andalan adalah: Pengkajian dan Pengembangan Tanaman Pangan, Hortikultura, dan Perkebunan pada Lahan Basah dan Gambut Tropis, dengan Program Pendukung :
- Pengkajian dan pengembangan varietas tanaman petanian
- Pengkajian hama dan penyakit tanaman pertanian
- Pengkajian dan pengembangan teknologi pertanian tepat guna dan berdaya guna
2. Jurusan/Program Studi Sosial Ekonomi Pertanian/Agribisnis
Program Andalan adalah: Pengkajian dan Pengambangan Agribisnis/Agroindustri pada Lahan Basah dan Gambut Tropis, dengan Program Pendukung :
- Pengkajian dan pengembangan sumberdaya manusia pertanian
- Pengkajian dan pengembangan kelembagaan sosial ekonomi pertanian.
3. Jurusan/Program Studi llmu Tanah
Program Andalan adalah: Pengkajian dan Pengelolaan Lahan Basah dan Gambut Tropis, dengan Program Pendukung :
- Evaluasi lahan dan tata air lahan pertanian.
- Peningkatan kesuburan dan konservasi lahan pertanian.
4. Program Studi Budidaya Tanaman Perkebunan
5. Program Studi Agroteknologi
Program studi Agroteknologi Fakultas Pertanian Universitas Tanjungpura telah memfokuskan program unggulannya sebagai berikut:
- Pengkajian dan Pengembangan teknologi tepat guna dan pengelolaan berkelanjutan Tanaman Pangan, Hortikultura, dan Perkebunan pada Lahan Basah dan Gambut Tropis.
- Pengkajian dinamika dan Pengelolaan Lahan Basah dan Gambut Tropis
- Pengkajian dan pengembangan sistem produksi tanaman pada lahan basah dan gambut tropis.
- Peningkatan kesuburan dan konservasi lahan basah dan gambut tropis.
6. Program Studi Ilmu dan Teknologi Pangan
Program studi ini akan memfokuskan diri dalam mengkaji Ilmu dan Teknologi terkait dengan bahan panen yang dihasilkan dari kegiatan pertanian secara umum. Diharapkan lulusan prodi mampu menangani persoalan pasca panen serta memberikan nilai tambah terhadap produk pasca panen.
7. Program Studi Peternakan
Program studi peternakan bertujuan menghasilkan lulusan yang kompeten di bidang peternakan
8. Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan